Linux/Mac 系统 R 包安装失败怎么办？

R 语言好用的地方之一在于有很多包帮我们把复杂问题都实现了，使用时只需要一个函数就可以完成大量计算工作。但也存在一个问题，包的依赖很多，依赖很多其它包，依赖很多底层工具。因此在 Linux/Mac 等系统安装时常常会出现少了一些头文件(*.h) 或库文件而报错(*.so), 如下面的报错;

> install.packages(“ragg”) 将程序包安装入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’ (因为‘lib’没有被指定) 还安装相依关系‘textshaping’ 试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gz’ Content type ‘application/x-gzip’ length 35722 bytes (34 KB) ================================================== downloaded 34 KB 试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/ragg_1.2.2.tar.gz’ Content type ‘application/x-gzip’ length 424677 bytes (414 KB) ================================================== downloaded 414 KB * installing *source* package ‘textshaping’ … ** 成功将‘textshaping’程序包解包并MD5和检查 ** using staged installation Package harfbuzz was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing harfbuzz.pc' to the PKG_CONFIG_PATH environment variable No package 'harfbuzz' found Package fribidi was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing fribidi.pc’ to the PKG_CONFIG_PATH environment variable No package ‘fribidi’ found Using PKG_CFLAGS= Using PKG_LIBS=-lfreetype -lharfbuzz -lfribidi -lpng ————————— [ANTICONF] ——————————– Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris) * brew: harfbuzz fribidi (OSX) If harfbuzz freetype2 fribidi is already installed, check that ‘pkg-config’ is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a harfbuzz freetype2 fribidi.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL –configure-vars=’INCLUDE_DIR=… LIB_DIR=…’ ————————– [ERROR MESSAGE] ————————— <stdin>:1:10: fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录 compilation terminated. ——————————————————————– ERROR: configuration failed for package ‘textshaping’ * removing ‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/textshaping’ Warning in install.packages : 安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0 ERROR: dependency ‘textshaping’ is not available for package ‘ragg’ * removing ‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/ragg’ Warning in install.packages : 安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0 下载的程序包在 ‘/tmp/Rtmp3ipD9t/downloaded_packages’里

在ERROR MESSAGE部分，R 给我们的提示还是很清楚的：fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录缺少这个头文件 (.h 代表 header file)。

在ANTICONF 部分，R 贴心的给出了不同系统下哪些软件包包含这个头文件

# Try install 看这里，简单的文字，应该都能看明白 Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: # deb（后面也备注了 Ubuntu 等），怎么安装呢？apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) # rpm (centos，febroa)，怎么安装呢？yum install harfbuzz-devel fribidi-devel * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris) # mac 怎么安装呢 brew install harfbuzz fribidi * brew: harfbuzz fribidi (OSX)

根据上面的提示，你就知道不同的系统怎么进行安装了。

确定自己的操作系统的版本

运行lsb_release -a获得输出如下，知道操作系统是centos

# 运行的命令 $ lsb_release -a # 输出， Distributor ID: CentOS Release: 8.4.2105 Codename: n/a

根用户下安装

确定了操作系统，拷贝粘贴对应的安装命令。注意：

需要有根用户 (root) 权限这个命令是在 terminal 下运行的

yum install harfbuzz-devel fribidi-devel

常见错误 1： 在 R 中安装 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）

> install.packages(“deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev”)

解析：缺失的软件不是 R 包，而是 Linux 系统中的包，当做 R 包去安装时不对的。

常见错误 2： 还是在 R 中安装（注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）

> yum install harfbuzz-devel fribidi-devel 错误：unexpected symbol 在”yum install” 里

解析: yum 是 centos、fedora 下的包管理器，应该在终端 (terminal) 下运行。

常见错误 3：用错了包安装工具 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的$, 这是 Linux 终端中运行代码的标识）

ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ yum install harfbuzz-devel fribidi-devel 找不到命令”yum”，您的意思是： …..

解析：判断错了操作系统的版本，这个系统是 ubuntu，没有 yum，应该用 apt-get

常见错误 4：没有权限 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的$, 这是 Linux 终端中运行代码的标识）

ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev E: 无法打开锁文件 /var/lib/dpkg/lock-frontend – open (13: 权限不够) E: 无法获取 dpkg 前端锁….，请看您是否正以 root 用户运行？

解析：应该用 sudo 或切换为 root 用户运行。正确写法如下 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的#, 这是 Linux 终端中root 用户运行代码的标识）：

# 前提是你得用户有 root 权限 # 会要求你输入密码 # 密码输入进去屏幕不显示，放心大胆的输入就行 ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ sudo apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev 或者 # 注意@ 前面的用户名为 root # 注意$变成了# root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

问题又出来了

一段时间后（取决于网速，可能几分钟），安装好了，继续回到 R 里面，再次安装 R 包 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）

> install.packages(“ragg”) 将程序包安装入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’ (因为‘lib’没有被指定) 还安装相依关系‘textshaping’ 试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gz’ …. …. —————————–[ ANTICONF ]——————————- Configuration failed to find one of freetype2 libpng libtiff-4. Try installing: * deb: libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel (Fedora, CentOS, RHEL) * csw: libfreetype_dev libpng16_dev libtiff_dev libjpeg_dev (Solaris) If freetype2 libpng libtiff-4 is already installed, check that ‘pkg-config’ is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a freetype2 libpng libtiff-4.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL –configure-vars=’INCLUDE_DIR=… LIB_DIR=…’

不是前面的解决无效，大家要仔细看，这次除了新的错误，提示还缺少其它的文件，并依旧给出了如何进行安装，ANTICONF部分。

根据提示，再来一次操作：

# 注意@ 前面的用户名为 root # 注意$变成了# root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # apt-get install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev

一段时间后（取决于网速，可能几分钟），安装好了，继续回到 R 里面，再次安装 R 包 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）

> install.packages(“ragg”) 将程序包安装入‘ /home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’ … DONE(ragg)

这次比较幸运，直接安装成功了，有时还需要再来一遍或着多变，缺什么装什么。

如果只提示缺少 .h 或 .so 未给提供怎么安装怎么办？

也有的时候，软件没这么智能，就孤零零的告诉你：

<stdin>:1:10: fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录 compilation terminated.

怎么知道哪个软件包里面有hb-ft.h 呢？

CentOS 下运行这个命令, 输出harfbuzz-devel里面包含hb-ft.h:

root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum provides “*/hb-ft.h” harfbuzz-devel-1.7.5-3.el8.x86_64 : Development files for harfbuzz 仓库 ：@System 匹配来源： 文件名 ：/usr/include/harfbuzz/hb-ft.h # .so 也一样 root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum provides “*/hb-ft.so”

继续安装

root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum install harfbuzz-devel

Ubuntu 下可以试试apt-file search hb-ft.h